久保田膜分離装置は膜分離装置である。膜材質は塩化ポリ塩化ビニルであり、マイクロフィルター膜（平均公称孔径0.2μm）に属する。その体積は小さくて高精製処理水ができるので、浄化槽（一体化廃水処理設備）及び工業廃水と生活汚水処理などの分野で非常に広く応用されている。膜分離システムが除去したのは懸濁固体だけでなく、大腸菌も除去できるため、処理水は直接再利用することができる。メンテナンスが簡単であることも大きな利点であり、水処理設備施設は従業員1人で管理できる。1998年にクボタは英国の汚水処理プロジェクトにシステムを提供し、日本以外に市場を拡大した。クボタは欧州と北米を中心とした市場で生活排水と工業廃水処理プロジェクトに浸漬式膜分離システムを提供し続けている。2001年にクボタが中国市場に進出し、中国で数万トン規模の下水処理場が採用され順調に稼働している。クボタは中東、インド、東南アジアを含む他の国や地域への市場拡大に努める。これまでクボタは日本以外の約981のプロジェクトにシステムを提供してきた。現在、膜分離システム事業の実績数ではクボタが上位にランクインしている。