高効率液体クロマトグラフィー装置のシステムは貯液器、ポンプ、注入器、クロマトグラフィーカラム、検出器、記録計などのいくつかの部分から構成されている。リザーバ中の移動相は高圧ポンプでシステムに打ち込まれ、試料溶液はサンプラを経て移動相に入り、移動相によってカラム（固定相）内にロードされる。試料溶液中の各成分は2相中で異なる分配係数を持つため、2相中で相対運動をする際、複数回の吸着・脱着の分配過程を経て、各成分は移動速度に大きな差を生じ、単一成分に分離されてカラム内から順次流出し、検出器を通過する際、試料濃度は電気信号に変換されて記録計に転送され、データはスペクトル形式で印刷される。

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